均質器的使用操作如果做到以下幾點，可以極大延長均質器使用壽命和使用效果。
1、在清潔處理器外部表面以及振蕩器時，先用溫和的肥皂水清潔，然后再用柔軟的布輕輕擦干(若處理器內部被細菌污染，則用70%異丙基乙醇液進行處理)。
2、不要使用酸、堿以及氯溶液和鹽溶液清潔處理器的外部，另外避免有機溶劑損壞處理器。
3、在清潔過程中不要采用沖刷和刮的方式，否則易對處理器造成不可逆轉的損壞。
4、均質器在運轉前，請仔細查看均質箱內有無異物，以免工作時發生故障和損傷均質袋。
5、電源插頭必須插緊到位，出現松動可能影響電腦控制器造成死機，如出現死機現象，請關閉后側電源開關，關機3分鐘后重新啟動。
6、在錘擊板工作時請不要隨意打開均質器門，以免樣品液溢出。應按“開/停"建，設備自動停止運行。當把門關上后，再按“開/停"建，設備自動完成余下工作。切勿顛倒操作。
7、均質器長期不使用應切斷電源，撥去插頭。防止無菌均質器內部電子元器件老化。
8、均質器門底部為防止均質袋意外破裂，便于清洗溢出物，底部設計為空的，可放置接水盤，所以儀器運轉時請勿用手從底部伸入，以免紋傷手指。均質器工作時不要打開均質器門，造成不必要的損失。
9、均質器和均質袋的存放都應避免陽光的直接照射，特別是均質袋應存放在無陽光或避免紫外線照射的地方，以免老化。